明代以前，在《難經(jīng)·三十九難》“命門(mén)者……其氣與腎通”之說(shuō)的影響下，把命門(mén)的功能籠統(tǒng)地包括在“腎氣”概念之中，認(rèn)為命門(mén)的功能與腎的功能有相同之處。直到明代，命門(mén)學(xué)說(shuō)得到進(jìn)一步發(fā)展。綜合前人的論述，對(duì)命門(mén)的功能有以下幾種認(rèn)識(shí)。

1.命門(mén)為原氣所系，是人體生命活動(dòng)的原動(dòng)力：“命門(mén)者，精神之所含，原氣之所系也”(《難經(jīng)·八難》)。

2.命門(mén)藏精舍神，與生殖功能有密切關(guān)系：“命門(mén)者，精神之所舍也;男子以藏精，女子以系胞”(《難經(jīng)·三十九難》)。說(shuō)明命門(mén)是人體藏精舍神之處，男子以貯藏精氣，女子以聯(lián)系子宮。命門(mén)藏精舍神的功能，實(shí)為腎主生殖的一部分功能。陳修園則明確指出：“凡稱之曰門(mén)，皆指出入之處而言也。況身形未生之初，父母交會(huì)之際，男子施由此門(mén)出，女子受由此門(mén)人，及胎元既定，復(fù)由此門(mén)而生。故于八門(mén)即飛門(mén)、戶門(mén)、吸門(mén)、賁門(mén)、幽門(mén)、闌門(mén)、魄門(mén)等七沖門(mén)(加上溺竅空門(mén))之外，重之曰命門(mén)也”(《醫(yī)學(xué)實(shí)在易》)。認(rèn)為命門(mén)在女為產(chǎn)門(mén)，在男為精關(guān)。

3.命門(mén)為水火之宅，包括腎陰、腎陽(yáng)的功能：“命門(mén)為元?dú)庵?，水火之宅，五臟之陰非此不能滋，五臟之陽(yáng)氣，非此不能發(fā)”(《景岳全書(shū)·傳忠錄·命門(mén)余義》)?！懊T(mén)之火，謂之元?dú)?，命門(mén)之水，謂之元精”(《類經(jīng)附翼·求正錄》)?？梢?jiàn)，張景岳認(rèn)為命門(mén)的功能包括了腎陰、腎陽(yáng)兩方面的作用。

4.命門(mén)內(nèi)寓真火，為人身陽(yáng)氣之根本：“命門(mén)者，先天之火也……心得命門(mén)而神明有主。如可以應(yīng)物：肝得命門(mén)而謀慮，膽得命門(mén)而決斷，胃得命門(mén)而受納，脾得命門(mén)而轉(zhuǎn)輸，肺得命門(mén)而治節(jié)，大腸得命門(mén)而傳導(dǎo)，小腸得命門(mén)而布化，腎得命門(mén)而作強(qiáng)，三焦得命門(mén)而決瀆，膀胱得命門(mén)而收藏，無(wú)不借命門(mén)之火而溫養(yǎng)也”(《石室秘錄》)。這種觀點(diǎn)把命門(mén)的功能，稱為命門(mén)真火，或命火，也就是腎陽(yáng)，是各臟腑功能活動(dòng)的根本。所以周省吾則進(jìn)一步強(qiáng)調(diào)：“命門(mén)者，人身之真陽(yáng)，腎中之元陽(yáng)是已，非另是一物”(《吳醫(yī)匯講》)。

縱觀歷代醫(yī)家對(duì)命門(mén)的認(rèn)識(shí)：從形態(tài)言，有有形與無(wú)形之爭(zhēng);從部位言，有右腎與兩腎之間之辨;從功能言，有主火與非火之爭(zhēng)。但對(duì)命門(mén)的主要生理功能，以及命門(mén)的生理功能與腎息息相通的認(rèn)識(shí)是一致的。我們認(rèn)為腎陽(yáng)，亦即命門(mén)之火，腎陰，亦即張景岳所謂“命門(mén)之水”。腎陰，亦即真陰、元陰;腎陽(yáng)，亦即真陽(yáng)、元陽(yáng)。古人言命門(mén)，無(wú)非是強(qiáng)調(diào)腎中陰陽(yáng)的重要性。